O Peytier, ο τρίτος Γάλλος που άφησε το χαρτογραφικό του αποτύπωμα στην εποχή του ’21, έφθασε τον Μάιο 1828 και τέθηκε στην υπηρεσία του Καποδίστρια για τη χαρτογράφηση της χώρας. Όμως, αντί να αρχίσει το έργο του, περιορίστηκε αμέσως σε τρίμηνη καραντίνα σε γαλλικά καράβια στην Αίγινα λόγω των αυστηρών μέτρων της καποδιστριακής κυβέρνησης για την αντιμετώπιση της επιδημίας πανώλης· ένα μήνα πριν, με εστία την Ύδρα, έπληξε τα νησιά του Αργοσαρωνικού και διαδόθηκε στην Πελοπόννησο. Τον Αύγουστο, μετά την καλοκαιρινή ύφεση της επιδημίας, ο Peytier επιχείρησε επί τρίμηνο γεωδαιτικές και τοπογραφικές εργασίες πεδίου· από την Κορινθία και μετά στην Αργολίδα, με υπόδειξη του Καποδίστρια, αλλά τεχνικές δυσκολίες και η αναζωπύρωση της επιδημίας δεν επέτρεψαν μεγάλες επιδόσεις. Ο Peytier άρχισε να συνεργάζεται με τμήμα της Expédition, ενώ παρέμενε επισήμως στην υπηρεσία του Καποδίστρια. Σύντομα εντάχθηκε στην επιχείρηση χαρτογράφησης της Πελοποννήσου για λογαριασμό του Dépôt και όχι πλέον της ελληνικής κυβέρνησης. Εντολή των γαλλικών στρατιωτικών αρχών ήταν η γρήγορη τοπογραφική αποτύπωση και έτσι οργανώθηκε ειδική μονάδα χαρτογράφησης στη στρατιά του Maison και η προμήθεια των αναγκαίων οργάνων· ανάμεσά τους το θεοδόλιχο Gambey. Τον Μάρτιο 1829 άρχισαν οι εργασίες αποτύπωσης με μετροτράπεζες και τον πολυπράγμονα Barthélemy επικεφαλής πέντε διμελών τοπογραφικών ομάδων. Η κλίμακα αποτύπωσης ήταν 1 εκ. στην πινακίδα να αντιστοιχεί σε 100 και 200 μέτ. στο έδαφος για τις κατοικημένες περιοχές και τα περίχωρα και σε 500 μέτ. για τις υπόλοιπες εκτάσεις· η ισαποχή των υψομετρικών καμπύλων ορίστηκε αντίστοιχα σε 10 και 25 μέτ. Χρησιμοποιήθηκαν οι αστρονομικοί προσδιορισμοί των πλοιάρχων Gautier και Smith σε ακτές και νησιά και τοπογραφήθηκαν αρχικά οι περιοχές των διαδρομών μεταξύ των κύριων κατοικημένων περιοχών. Ακολούθησε η αποτύπωση των ποταμιών και η καταγραφή πολυθεματικών στατιστικών δεδομένων. Τον Μάιο 1829 έγιναν, κυρίως από τον Peytier, γεωδαιτικές εργασίες τριγωνισμού στην Αργολίδα και μετά στις δύσκολες περιοχές της Αρκαδίας και της ορεινής Ηλείας. Όμως το έργο των Γάλλων τοπογράφων δυσκόλεψε η εμπλοκή του (στρατιωτικού) προγράμματος του Dépôt με εκείνο της Expédition. Επιπλέον, οι μεγάλες εδαφικές ανωμαλίες και η διασπορά των Γάλλων τοπογράφων δεν επέτρεπε την επιχειρησιακή αλληλοκάλυψή τους. Σε όλες αυτές τις αντιξοότητες ήρθαν να προστεθούν σοβαρά προβλήματα υγείας και οι επιπτώσεις των εμφύλιων δεινών που ταλάνιζαν τη ζωή των Ελλήνων της εποχής. Η χαρτογράφηση διακόπηκε και ο θάνατος χτύπησε τους χαρτογράφους αποδεκατίζοντας δύο από τις πέντε ομάδες της αποτύπωσης. Από τους οκτώ εναπομείναντες, μόνο δύο ήταν πλέον ικανοί για εργασία· οι άλλοι σοβαρά άρρωστοι ―και ο Peytier― ή ανίκανοι να συνεχίσουν. Η μικρή ομάδα ήταν πλέον σε αποσύνθεση· ενισχύθηκε στο τέλος του έτους με μερικά επιπλέον μέλη και η εργασία προχώρησε με μετρήσεις και υπολογισμούς. Οι εκπτώσεις από τον αρχικό προγραμματισμό ήταν αναπόφευκτες. Λόγω των αρνητικών συνθηκών δόθηκαν νέες οδηγίες από το Dépôt και η χαρτογράφηση θα συνέχιζε πλέον μόνο με την αποτύπωση κατά τις διαδρομές μεταξύ κατοικημένων περιοχών, στο πρότυπο της αντίστοιχης γαλλικής επιχείρησης στην Ισπανία· τώρα με τριγωνισμό σε κάπως καλύτερες συνθήκες. Για την συντόμευση της εργασίας, η ακριβέστερη αλλά χρονοβόρα υψομέτρηση για τη χάραξη ισοϋψών καμπύλων αντικαταστάθηκε από τον παλαιό τρόπο σχεδίασης του εδαφικού αναγλύφου.
Τον Ιανουάριο 1830 η Expédition επέστρεψε στη Γαλλία έχοντας ολοκληρώσει το έργο της στην Πελοπόννησο. Το γαλλικό εκστρατευτικό σώμα παρέμεινε χωρίς πλέον εμπλοκές ρόλων και το Dépôt επιτάχυνε τις εργασίες ενισχύοντας τα τμήματα χαρτογράφησης. Οι απώλειες και αντικαταστάσεις προσωπικού ήταν συνεχείς το πρώτο εξάμηνο του έτους. Ένδεκα ενεργοί τοπογράφοι είχαν βάσεις στην Πάτρα, Κόρινθο, Επιτάλιο, Άργος· δύο ασθενείς με τον Barthélemy παρέμεναν στο αρχηγείο στη Μεθώνη. Ο Peytier με δύο έμπειρους γεωγράφους μηχανικούς συνέχιζε τον τριγωνισμό. Τον Ιούλιο όλα σχεδόν τα μέλη της ομάδας ήταν εμπύρετα, με απώλειες έναν νεκρό και έναν επαναπατρισθέντα. Τραυματισμοί και κακουχίες ακολουθούσαν τις εργασίες μέχρι το φθινόπωρο και στο τέλος της χρονιάς οι Barthélemy και Peytier ―είχε ήδη ολοκληρώσει τον τριγωνισμό― αποσπάσθηκαν στο έργο της επιτροπής εδαφικού προσδιορισμού και χάραξης των συνόρων· μαζί δύο αξιωματικοί από τη Βρετανία και Ρωσία, οι Baker και Scalon. Τον Απρίλιο 1831 συνεχίστηκαν οι εργασίες πεδίου. Σχεδόν όλοι οι τοπογράφοι είχαν προβλήματα υγείας και η πολιτική κατάσταση στη χώρα χειροτέρευε. Επιθέσεις ληστών, προκλήσεις και απειλές από κατοίκους των περιοχών που αποτύπωναν οι Γάλλοι δυσχέραιναν, μέχρι εγκατάληψης, το έργο τους ―ιδίως στις περιοχές της Μάνης. Τον Ιούλιο οι τοπογράφοι, με το υλικό του μέχρι τότε έργου τους, συγκεντρώθηκαν στη Μεθώνη για να αξιολογηθεί η κατάσταση. Στο πεδίο έμεινε μόνο ο Peytier να περιτρέχει από τη μια άκρη της χώρας στην άλλη για να συμπληρώνει τριγωνισμούς και κενά. Εξαντλημένος επέστρεψε τότε στη Γαλλία μαζί με άλλους της ομάδας και όλο το υλικό της εργασίας των δύο χρόνων, αφήνοντας στη Μεθώνη έξι τοπογράφους και μια χώρα σε ανεξέλεγκτη αναταραχή που προμήνυε νέα εμφύλια δεινά. Στο Dépôt ο Peytier αρχίζει την επεξεργασία για τη σύνταξη και παραγωγή του εξάφυλλου (με δύο συνοδά φύλλα) πρώτου επιστημονικού χάρτη της Πελοποννήσου. Θα εκδοθεί στο Παρίσι το 1832 σε κλίμακα διπλάσια εκείνης του ημι-επιστημονικού χάρτη του Lapie, του 1826· 1 εκ. στον χάρτη αντιστοιχούσε τώρα σε 2 χλμ. στο έδαφος. Τον Σεπτέμβριο 1831 εξεγερμένοι Μανιάτες αντίπαλοι του Καποδίστρια θα επιτεθούν, λεηλατήσουν και καταλάβουν την Καλαμάτα. Οι εναπομείναντες λίγοι τοπογράφοι απομονώθηκαν στη Μεθώνη περιμένοντας ευκαιρίες για να ολοκληρώσουν τις αποτυπώσεις στο ακρωτήριο Ταίναρο (κάβο Ματαπά) και στις δύσβατες περιοχές της Μάνης, τις μόνες που έμεναν αχαρτογράφητες. Από τη στρατιά του Maison και του διαδόχου του Schneider, υπηρετούσαν ακόμη στην Πελοπόννησο περίπου πέντε χιλιάδες Γάλλοι. Τον Μάιο τοποθετήθηκε επικεφαλής τους ο στρατηγός Guéhéneuc, ο οποίος διέταξε τον προϊστάμενο των τοπογράφων Barthélemy να αναλάβει στην Καλαμάτα μια «ειδική» αποστολή διαπραγμάτευσης με τους Μανιάτες, ενώ η κυβέρνηση του Καποδίστρια οργάνωνε δράση εναντίον τους. Μέχρι την επίλυση αυτής της μείζονος εμφύλιας κρίσης ο Barthélemy, διακινδυνεύοντας τη διατάραξη των σχέσεων του Καποδίστρια με τους Γάλλους, πλησίασε τους εξεγερμένους Μανιάτες. Φαίνεται ότι τότε εξασφάλισε τη συναίνεσή τους για να ολοκληρωθεί από τέσσερις τοπογράφους η χαρτογράφηση της Μάνης, την οποία είχαν αποφύγει όλοι μέχρι τότε, συμπεριλαμβανομένων των Βενετών για τη σύνταξη των χαρτών τους, του 1707. Η εμφύλια κρίση της Καλαμάτας κορυφώθηκε με τη δολοφονία του Καποδίστρια τον Οκτώβριο 1831 και τα πολιτικά επακόλουθά της. Σε κλίμα καχυποψίας οι τοπογράφοι του Barthélemy αποσύρθηκαν στη Μεθώνη προς το τέλος του ταραγμένου έτους, για τις επεξεργασίες των αποτυπώσεων, μέχρι τον Μάιο 1832 όταν ανακοινώνεται επίσημα από το Dépôt η ολοκλήρωση των εργασιών στην Πελοπόννησο. Η προσωρινή ελληνική κυβέρνηση ζήτησε την παραμονή των Γάλλων στρατιωτικών και οι τοπογράφοι από αυτούς εργάστηκαν για την ολοκλήρωση των αποτυπώσεων πόλεων και οχυρών και για την προετοιμασία της χάραξης επί του εδάφους των συνόρων του νέου κράτους, με επικεφαλής της οριοθέτησης τον Barthélemy. Ήταν μια επίπονη επιχείρηση στο αφιλόξενο και δύσκολα προσπελάσιμο χιονοσκεπές ορεινό έδαφος της Στερεάς, κατά τον σκληρό χειμώνα του 1832-1833, με στερήσεις, ασθένειες και προκλήσεις από τη βόρεια πλευρά των συνόρων. Τις παρενοχλήσεις της οριογράφησης επεσήμαναν αρνητικά και οι Baker και Scalon. Τον Μάρτιο 1833, σχεδόν ένα μήνα μετά την άφιξη του Όθωνα και των Βαυαρών, επέστρεψε στην Ελλάδα ο Peytier με αποστολή τις χαρτογραφήσεις στην Αττική, ενώ στην Άρτα ο Barthélemy συνέχιζε το γεωδαιτικό και τοπογραφικό έργο της οριοθέτησης, το οποίο δυσκόλευε η οθωμανική πλευρά και τοπικοί πληθυσμοί που αντιδρούσαν στην οριοθέτηση. Βιαιοπραγίες, εμπρησμοί, ληστείες και εξεγέρσεις, ανάγκασαν το γαλλικό κλιμάκιο να αποσυρθεί στην Πρέβεζα, μέχρι την αποκατάσταση της τάξης. Τους καλοκαιρινούς μήνες οι εργασίες διακόπηκαν και για τον κίνδυνο ασθενειών. Ο Barthélemy και οι Γάλλοι τοπογράφοι επιστρέφουν στη Μεθώνη, ο Baker στη Ζάκυνθο και ο Scalon στη Λαμία. Τον Αύγουστο αποχώρησαν και οι τελευταίοι Γάλλοι στρατιώτες από την Ελλάδα, αφήνοντας πίσω λίγους τοπογράφους τους, οι οποίοι θα συνέχιζαν το έργο της οριογράφησης και χαρτογράφησης στη βόρεια Στερεά. Ο Peytier εργάζεται στην Αττική, αντιμετωπίζοντας και αυτός ακραία εχθρότητα με κίνδυνο της ζωής του. Οι επίτροποι της χαρτογράφησης στην Άρτα έψαχναν τρόπους αντιμετώπισης της βίαιης αντίδρασης των τοπικών πληθυσμών (και των Κλεφτών στην άλλη πλευρά των συνόρων). Ο Baker πρότεινε τη βοήθεια των Βαυαρών, που απέκλειε ο Barthélemy ζητώντας να συνοδεύονται οι Γάλλοι χαρτογράφοι στο έργο τους από Έλληνες και Οθωμανούς επιτρόπους με αντίστοιχη φρούρηση. Η οθωμανική πλευρά αρνήθηκε συμμετοχή, ενώ από ελληνικής πλευράς υπήρξε ανταπόκριση ―συμμετείχε ο Γιαννάκης Στάϊκος, έμπιστος του Κωλέττη, γνώστη των περί των χαρτών. Μετά από σχεδόν έναν άγονο χρόνο, χωρίς την ολοκλήρωση του τριγωνισμού στο μεγαλύτερο μέρος των συνόρων και χωρίς τις ενδεδειγμένες αποτυπώσεις, η επιτροπή οριοθέτησης συγκεντρώθηκε τον Ιούλιο 1834 στο Άργος. Με το όποιο υλικό έχει κατορθώσει να συγκεντρώσει συνέταξε χάρτη των πρώτων συνόρων της Ελλάδας σε δύο φύλλα. Κάποιες σκέψεις για επιστροφή των τοπογράφων τον Σεπτέμβριο στη βόρειο Στερεά, προκειμένου να ολοκληρώσουν το έργο της οριογράφησης, απορρίφθηκαν ως ανέφικτες από την εξαντλημένη και εύλογα αγανακτισμένη επιτροπή, δηλώνοντας ότι qu’elle n’en voyait pas l’utilité; que sa carte, bonne ou mauvaise, était prête et qu’elle considérait sa mission comme remplie.